Naučno-istraživački rad na Ekonomskom fakultetu u Nišu realizuje se preko Centra za ekonomska istraživanja. Intencija je da se naučno-istraživački rad na Fakultetu organizuje po ugledu na razvijeni obrazovni, naučni i istraživački ambijent zemalja u okruženju, kao i zemalja članica Evropske unije. Individualni rad svakog nastavnika i saradnika pruža konkretan doprinos radu Centra, odnosu razvoju naučno-istraživačkog rada samog Fakulteta.

Zadaci Centra za izdavačku delatnost, kao izdavačke jedinice su:

• organizovanje svih poslova oko izdavanja časopisa "Ekonomske teme",
• izdavanje udžbenika, monografija, stručne i naučne literature,
• objavljivanje doktorskih disertacija, magistarskih teza i drugih naučnih i stručnih radova.

Ekonomski fakultet u Nišu preko Centra za izdavačku delatnost izdaje časopis Ekonomske teme. Časopis je, prema kategorizaciji Ministarstva za nauku i tehnološki razvoj Republike Srbije, u kategoriji vodećeg časopisa nacionalnog značaja (M51). Časopis izlazi 4 puta godišnje.

Kada smo pre 15 godina pokrenuli inicijativu da se na Ekonomskom fakultetu u Nišu izučavaju dva bitna fenomena – regionalni razvoj i demografski tokovi zemalja jugoistočne Evrope, nismo ni slutili kakvo će interesovanje izazvati ova problematika kod naučnika različitih struka.

Radi aktivnijeg angažovanja nastavnika, saradnika i studenata u razmatranju društveno-ekonomskih problema i doprinosa njihovom rešavanju, Fakultet obrazuje Naučni seminar.

Međunarodna saradnja Fakulteta obuhvata različite programe. Fakultet je potpisao sporazume o saradnji sa:

• Univerzitetom za nacionalnu i svetsku ekonomiju iz Sofije, Bugarska,
• Privrednom akademijom "Cenov" iz Svištova, Bugarska,