Деканат Економског факултета у Нишу се састоји од декана и три продекана: за материјално-финансијска питања, за научни рад и наставна и студентска питања.

На основу члана 52. Закона о високом образовању и чл. 188. и 189. Статута Економског факултета у Нишу, Савет Факултета на Конститутивној седници одржаној 2. 2. 2007. године донео је

Наставно-научно веће Факултета чине сви наставници и сарадници.

При одлучивању о питањима која се односе на осигурање квалитета наставе, реформу студијских програма, анализу ефикасности студирања и утврђивање броја ЕСПБ бодова, у Већу и његовим телима учествују и представници студената (студенти чине 10% чланова).

За имплементацију Болоњског процеса, који је у Србији започет пре четири године, а конкретно и доношењем Закона о високом образовању, као једна од важних смерница истиче се партнерски однос наставника и студената. У новом систему студирања студент више не сме бити само пасивни објекат у наставном процесу, већ активна страна, чије ће се мишљење и иницијативе разматрати и спроводити ради побољшања квалитета високог образовања.